wordpressの500エラーについて質問です。wordpressをインストールして、独自ドメインを設定をした次の日から、管理画面にエラーが出てログインできなくなりました。

プラグインを多数インストールしていたので、それらを停止させてみたりもしましたが変わりませんでした。

エラーログには、
File does not exist: /home/サイトアドレス

が、一番最初に出ていて、
そこから、
サイトアドレス. htaccess:<files>♯>directive missing closing
という文が延々と出ています。

使用しているさくらサーバーのhtaccessは以下のようになっています。

DirectoryIndex index.html index.htm index.shtml index.php index.cgi AuthUserFile /home/sirusiru/www/.htpasswd
AuthType Basic
AuthName “Web access”
Satisfy all
Order deny,allow
<files wp-config.php>
order allow,deny
deny from all
</files># BEGIN W3TC Browser Cache
<IfModule mod_deflate.c>
<IfModule mod_headers.c>
Header append Vary User-Agent env=!dont-vary
</IfModule>
AddOutputFilterByType DEFLATE text/css text/x-component application/x-javascript application/javascript text/javascript text/x-js text/html text/richtext image/svg+xml text/plain text/xsd text/xsl text/xml image/x-icon application/json
<IfModule mod_mime.c>
# DEFLATE by extension
AddOutputFilter DEFLATE js css htm html xml
</IfModule>
</IfModule>
# END W3TC Browser Cache

どなたか今回のエラーの原因、対処方法について教えて頂きたいです。

固定ページ表示の件で行き詰ってしまい、ご質問に来ました。

サーバー内に２つのWP（WP1フォルダ、WP2フォルダ）を設置しております。
それと同階層にindex.php（A）を設置しております（当初、Aに相当するURLにアクセスしたかったため。/WP1という表記をアドレス末尾に表示したくなかったためです）

★階層は下記のようになっております
————————-
index.php　（A）
WP1フォルダ　(公開用）
WP2フォルダ　(テスト用）
————————-

(A)のindex.php内には、

define(‘WP_USE_THEMES’, true);
/** Loads the WordPress Environment and Template */
require( dirname( __FILE__ ) . ‘/wp1/wp-blog-header.php’ );

と書かれております。

そして現在行き詰っておりますのは、
WP2の方のwordpressの固定ページを開こうとした際に、なぜかWP1の方のURLを
参照しているようで、WP1側の404.phpが表示されてしまいます。
（WP１側の404.phpを書き換えたものが表示されたので、間違いないです）

(A)のindex.php内の

require( dirname( __FILE__ ) . ‘/wp1/wp-blog-header.php’ );　を
require( dirname( __FILE__ ) . ‘/wp2/wp-blog-header.php’ );

に書き換えた場合、逆の現象が起こります。
当初は（A)の階層のindex.phpにアクセスすることを考えておりましたが、
現在は/WP1や/WP2がURLの末尾に表記されて構わないので各々のWP内の固定ページを
表示させたいのですが、どこを変更すればいいのかわからずご質問にきました。

ちなみに管理画面の一般設定内のWordPress アドレス (URL)とサイトアドレス (URL)は
（WP1側）
http://●●●/WP1

（WP2側）
http://●●●/WP2

となっております。無意識に何かをいじってしまったのか、、色々試しているのですが
どうしても直らずにご質問に参りました。。

他にわかる点は
★カテゴリーに関しては各々の中を参照し、表示されております。
★WP1とWP2の直下に入っておりますindex.phpは
define(‘WP_USE_THEMES’, true);

/** Loads the WordPress Environment and Template */
require( dirname( __FILE__ ) . ‘/wp-blog-header.php’ );

と記載されております。

長々と書いてしまい、わかりづらいかもしれませんが、
ご教授いただければと思います。
宜しくお願い致します。

いつもお世話になっております。
今回下記のような２つの処理を行いました。

1.サブディレクトリ(/wp/)にインストールしたwordpressをドメイン直下に表示（ルートディレクトリを変更）
参考）http://blog.zius.jp/wordpress/439/

この処理によりURLは下記に変更になります
http://example.net/wp/category/article/
↓
http://example.net/category/article/

※.htaccessの記述を変更しています

2.パーマリンクの設定変更
参考）http://ateitexe.com/wordpress-permalink-change/

2.の処理によりURLは下記に変更になります
http://example.net/category/article/
↓
http://example.net/article/

※Word Press管理画面での設定変更により自動でリダイレクトされます

しかし、この2つの処理をまたがる最初のURLから、最終的なURLへのリダイレクトがされません。

最初のURL
http://example.net/wp/category/article/

↓　✕：リダイレクトされない

最終的なURL
http://example.net/article/

このような場合、どのような処理が必要でしょうか？
お知恵を拝借できれば幸いです。
よろしくお願いいたします。

サイトアドレスを「ドメイン/blog/」に変更したところ、
ドメイン/blog/の階層では記事一覧部分が404エラー記事がありません。
ドメイン/では表示される
ドメイン/blog/date/2016/01うつらず
ドメイン/date/2016/01うつらず
ドメイン/blog/category/presidentうつる
という特定ページがうつらない謎の状態になっております。。。
原因として考えられるものはなんなのでしょうかm(_ _)m