/wp-admin/options-media.phpファイルの100行目辺りの
if ( get_option('upload_url_path') || ( get_option('upload_path') != 'wp-content/uploads' && get_option('upload_path') ) ) :
と/wp-admin/options.phpファイルの88行目辺りの同じ様な該当部分をコメントアウトして、入力欄を表示させてパスを入力後、再度該当部分のコメントアウトを取り除くという力技で対処しようと思っています。
もう少しスマートな方法もあると思うのですが、力不足で思いつきませんでした。
何かアドバイスをいただければと思います。
これまた力技だと思うのですが、
/wp-admin/options.php にブラウザでアクセスすると、「すべての設定」ページが開きます。
その中に upload_path という項目があり、確認・変更できるようですよ。
クライアントにはお教えできませんが、自分がさわるだけなら….と思います。
WordPress 3.5からは wp-config.phpに設定を書くように変更になりました。
こちらのスライドの54ページ目をご覧ください。
http://www.slideshare.net/odysseygate/wordpress-35-8
本家Codexの英語情報になりますが、
http://codex.wordpress.org/Editing_wp-config.php#Moving_uploads_folder
wp-config.phpに
define('UPLOADS', 'uploads');
と書くことでファイルの保存場所は変更できます。