「カスタム投稿タイプ」のカスタマイズ

ただ、複製した方のphpファイルのサイドバー表示の部分を削除してみても、カスタム投稿ページとして表示させている部分には何の変化もありません…
（この方法をとったのは、参照したサイトに「変化を一番わかりやすい」と書いていたからです）

「Show Current Template」というプラグインをインストールすると、ログインしていればどのテンプレートファイルが使われているか分かりやすいですよ。
これでどのファイルが使われているか確認してみてはどうでしょう？

Show Current Template

早速プラグインを導入して見てみると、「archive.php」というテンプレートを参照していました。

archive.php はその名の通りアーカイブ（カテゴリー、タグ、日別など）で使われるテンプレートです。
rem1228さんが変更しようと思って見ているページは「カスタム投稿タイプ」のアーカイブ（一覧）ページではありませんか？
gogowebさんが投稿されたテンプレート階層のページもよく見てくださいね。

ただ、いきなりフロントページのサイドバーが下（メインコンテンツの下）に落ちてしまいました…
バックアップから復元しても、WordPressを再インストールしても、テーマ（TwentyTwelve）を再インストールしても元に戻りません…。

「問題解決のためのチェックリスト」に基本的なトラブルシューティングがありますので試してください。