「適切なファイル・パーミッション設定」操作後、404エラーで困っていま

パーミッションが原因と考えられるならば、wp-config.phpを一度ローカルにダウンロードした後でサーバ上から削除し、再度アップロードしたらどうなりますか？

ただし通常 wp-config.php にアクセスできないだけなら404エラーとはならず PHPエラーが出たり、ファイルが存在しなければ wp-config.php作成ウィザードが起動すると思います。ですからパーミッション変更時の操作ミスで他のファイルにもなんらかの不具合が発生したなどの可能性も考慮してみてください。

なおセキュリティに関心を持つ事は大変良い事だと思いますが、適切なパーミッション設定はサーバ環境によって変わりますので、あまりよく解らないのであれば何もしない方が良いと思います。ご指摘のページには以下の様にも書いてありますね。

WordPress でのパーミッションは、基本的にほぼすべてのユーザで共通の設定になりますが、使用するサーバ、ユーザの行うインストールのタイプ、およびインストール時のシステム全体の umask 値などにより異なる場合があります。

* 注記 : WordPress を自分でインストールした場合、とくにパーミッションを変更する必要はありません。パーミッションエラーが起こる場合、またはあえて変更したい場合を除いて、パーミッションを無意味に変更しないほうがよいでしょう。

configは削除してもすぐに生成されますよね。

インストール作業を行わなければ自動生成はされませんよ。ゾンビのように勝手に復活はしません。もう一度よく確認してみましょう;)
Heihachiroさんのおっしゃっている方法を試してみることが第一です。

レンタルサーバーのconfigをFFFTPで削除するのですが、すぐに生成されます･･･

この config というのは wp-config.php ファイルの事ですよね？ FFFTPを使ってないので確信はありませんが、もしかしたらそれは単にファイルの削除に失敗しているのではないですか？ パーミッションの設定を誤るとFTP経由ではファイルにアクセスできなくなる事があります。

念のためにいいますが、あくまで可能性です。FFFTPはもう随分長いこと使ってないので上記の場合にどういう動作をするのか覚えていません。エラーメッセージくらい出ても良いはずですが…

ところでお使いのレンタルサーバはどこでしょう？

ffftpをお使いならwp-config.phpのファイル属性を666に変更します。
その後に削除を実行してください。
　ついでにフォルダーの属性なら777に変更してからフォルダー削除となります。
普通はそのままで削除できますが、wp-configを一度766とか設定した段階で
何か不正なフラッグがついたと思います。

あまりお力になれなくて申し訳ありませんが、今は原因究明よりもサイトの復旧を優先させるべきでしょうね。私はロリポップを使用した事はないのですが、少し調べたところ色々と独自の仕様があるようですね。

cozy-koji さんは管理者として意識も高く、また色々と学ぼうとされている様子はとても素晴らしいと思います。しかし今回のようによく解らない事を試す時には、本番環境ではなくテスト環境を用意してそちらで試行錯誤をした後に本番環境に導入する様にすれば、万が一の時の被害はかなり軽減されるはずです。

今はトラブルの真っ只中なので少々キツイ言葉だと思われるかも知れませんが、問題がひと段落した後で私の言葉を再検討していただければ幸いです。

それではご健闘を祈ります。

解決済みにコメント付ける蛇足ですが。。。

ロリポップ、チカッパはウェブアプリケーション（Perl、PHP など）は「700」で動作します。
また777にするとウェブアプリケーションの動作自体がシャットアウトされエラーが返される仕様になっています。