「.htaccess を更新する必要があります。」の表示が消えない

「.htaccess を更新する必要があります。」の表示が消えず困っています。

ルートディレクトリにインストールしてあったWordpressを専用ディレクトリに配置しました。作業はWordPress を専用ディレクトリに配置するのルートディレクトリにインストール済みの場合を参考に。.htaccessの変更は直接コピー&ペーストで行い、パーマリンクの設定は反映されるようになりました。数字ベースを選択すれば数字ベースに、投稿名を選択すれば投稿名に、それぞれの形式にきちんと記事のパーマリンクは変更されています。

ですが「パーマリンク構造を更新しました。」との表示がされず、「.htaccess を更新する必要があります。」と表示されてしまいます。デフォルトに変更したときのみ更新しましたとの表示がされますが、それ以外に変えるとやはり.htaccessを～との表示がされます。これはなぜでしょうか？　.htaccessの設定が間違っているのでしょうか？

フォーラムをまわったりググったりしましたが、なかなか解決方法が見つかりません。どなたかご回答をよろしくお願いいたします。

バージョン : WordPress　日本語版 3.4.1
サーバー : Xserver X10プラン

public_html
  └www.example.net
  　　└wordpress
    　　└index.php
    　　└.htaccess　※1
  　　└index.php
  　　└.htaccess　※2

※1
  # BEGIN WordPress
  <IfModule mod_rewrite.c>
  RewriteEngine On
  RewriteBase /
  RewriteRule ^index\.php$ - [L]
  RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
  RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
  RewriteRule . /index.php [L]
  </IfModule>
  # END WordPress

※2
  # BEGIN WordPress
  <IfModule mod_rewrite.c>
  RewriteEngine On
  RewriteBase /
  RewriteRule ^index\.php$ - [L]
  RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
  RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
  RewriteRule . /wordpress/index.php [L]
  </IfModule>
  # END WordPress