【困ってます！】カテゴリと固定ページが重複した場合はどうすれば解決できますか？

色々試してみるのですが解決できず、こちらに質問させてください。

既存のサイトをWP化しているのですが、ファイル名称をそのまま引き継ぐという事で設定を行うのですが、WPの表示や動作？がおかしくなってしまうのでアドバイスをお願いいたします。

まず前提として、全ての記事と固定ページに拡張子.phpを付与します。
この設定は、functions.phpへの定義でできました。

しかし、/hoge/　というカテゴリを作ったとした場合、/hoge/index.phpと表示させたいのですが、一度他のカテゴリなどでindex.phpという名称を使うと、以降同じ名前が定義できません。つまり、/apple/　というカテゴリを更に作った場合、/apple/index.php　という定義が出来ません。

重複した名称と認識されてしまい、/apple/index-02.php　といった具合にリネームされてしまいます。

そこで、index.phpだけは固定ページで作ればよいのでは？と考え、固定ページからapple/index.phpを作成したのですが、ページ自体はできたのですが、カテゴリにも/apple/は存在するのでどちらも同じ階層？を持っているため、ぶつかってしまうのか、/apple/index.php の表示自体もおかしくなってしまいます。
※ほかのページは記事として、以下の感じで投稿しています。
apple/blog01.php
apple/blog02.php
apple/blog03.php
…

すみません、上手く説明が出来ないのですが、伝わりますでしょうか…。

行いたいことは、各カテゴリでindex.php　というページ名の記事を作りたいという事になりますが、WPでそのような事は可能でしょうか？

お詳しい方いらっしゃいましたら、何卒アドバイスを頂けないでしょうか。
宜しくお願いします。