こんな構造の店舗サイトを作りたいのですが・・・

MTでいうところの「ウェブページ」＝WPの「ページ」
だけ気をつければ、大きくは違わないと思っています。
実際に両方同じくらいのウェイトで仕事で携わっていますが、再構築というものの概念があるか無いかくらいで、さほどの違いは感じていません。

たしかに・・・管理ページなどの出来が、ＭＴのほうがしっかりしているとは思います（感じ方の問題かもしれませんが）

マルチブログだけは違いますけど、使い方次第だとおもっています。

参考になるか分かりませんが、先週新たにサイトを立ち上げましたので見てみてください。
プラグインを利用してショップサイト化しました。決済はPayPalですが、ページ単位で商品ページ、注文フォーム等を作成しています。上記にあったContactForm7も利用しています。サイト

新規WEBサイトを立ち上げるにあたって、検索エンジンに乗っけてもらうことが現在非常に時間がかかると感じています。グーグルやBingは無料でサイト登録できますが、その他の検索エンジンは料金がかかるようになってしまっています。

そこでブログ型ショップサイト/ユーザによる記事の投稿/コメント投稿を可能にして結果的にSEO対策となる方法を以前から考えていました。クローラーに見つけてもらう。

商品ページのデザインを変えるには、フレームを利用してphpファイルを読み込ませています。（動作は遅くなります。）

サイト内ショッピングページでは、商品画像/説明等をスライド形式で表示させています。
また、商品別の投稿別に表示させています。

ブログ型ショッピングサイトで商品別のコメント/記事により、商品単位で検索される可能性が高くなると私自身考えています。
また、検索エンジンの結果に不要な情報が多いですがキーワードと記事の内容をうまく調整していくことで有効なSEO対策になると思います。

ユーザの権限についても、プラグインとファイル/権限の編集で使用させたくないファイルを選ぶことができます。現在、一般ユーザにはコメントの投稿（公開に許可が必要）とし、社員やその他ショップ関係者には、記事/コメント/ファイルの扱いができるようにしています。ただし、一般ユーザと同様に公開においては許可が必要です。コメントの閲覧にかんしても、ファイルを変更することで許可されたコメントしか閲覧できない状態にしました。これにより、不要な誹謗/中傷等は必要最低限の人（管理者/コメント許可者）しか見ることがなくサイト運営やスタッフのモチベーションを下げることがなくなると良いなーと。

今後の課題は、画像等メディアファイルへの直リンクを防げるようにすること。
有料のプラグインでファイルの暗号化/パスワード設定/メディアの購入後パスワード発行。
というものがあるので、それを利用すればメディアの販売も可能になるかと思います。