すべてのテーマが反映されない

soft_gazerさんはmurataさんと別人ですよね？便乗質問はできないフォーラムですので別にスレッドを立ててもらえますか？便乗されるとmurataさんの質問が解決してもmurataさんが解決済みにできなくなってしまいます。

で、murataさんのご質問内容ですが、いきなりと言うことは通常ありえません。何かを行ったからというのがほとんどの場合の原因です。その原因にも、murataさんご自身の行った行為以外に、サーバー側でphpやapacheのバージョンアップが行われた、などの場合もありえます。
まずは、ご自身で何か変更などを行わなかったか？サーバー側で変更が行われなかったかなどを調査してみましょう。

ところで、2.6.5を使用し続けていることには何か理由がおありでしょうか？プラグインが対応していないなど理由はそれぞれあると思いますが、プラグインもテーマもバージョンアップが行われ、新しいWordPressのバージョンに適応していきますので、特別な理由がなければバージョンアップすることも検討してみましょう。