やっぱり勝手にbr、pが入る

こんにちは、

remove_filter('the_content', 'wpautop');

でフィルタが外せていないんだと思います。

なんでか？

wpautopは、コアでフィルタが追加されている場合以外でも、add_filter()されていることが
あったりしますし、

remove_filterの第三引数 priorityの値が、add_filter()の時のpriorityと異なっていたりすると除去できなかったりします。

じゃ、どうすればいいのか

今書いている、remove_filter('the_content', 'wpautop');はコメントアウトして、

私の、自家製のなんちゃってスクリプトと一緒にfunctions.phpに貼り付けてください
（このスクリプトは、the_contentにフックしているフィルタをリスト表示します）

functions.phpの最初の行（<?phpの前に）

<?php

//remove_filter('the_content','wpautop');

function list_hooked_functions($tag=false){
    global $wp_filter;
    if ($tag) {

        $hook[$tag]=$wp_filter[$tag];

        if (!is_array($hook[$tag]) ) {
            echo "<p>Nothing found for '$tag' hook</p>";
            trigger_error("Nothing found for '$tag' hook", E_USER_WARNING);
            return;
        }
    } else {

        $hook=$wp_filter;
        ksort($hook);
    }
     echo '<div style="text-align:left;margin:5%;">';

     foreach($hook as $tag=> $priority){
         echo "<p><strong>$tag</strong></p>";
         ksort($priority);

         foreach($priority as $priority=> $function){

             echo '<p>'.$priority.'  ';
             foreach($function as $name=> $properties) echo "\t$name</p>";
         }
     }

     echo '</div>';
    return;
}
list_hooked_functions('the_content');
?>

表示されたリストに　wpautopがあることを確認したら

最初の行の、remove_filterのコメントアウトを外してください

で、もう一度リストに、wpautopがあるかどうか探して、

12 wpautop

みたいなのがあったら、

remove_filter('the_content','wpautop',12);

をさらに追加して、なくなったら　たぶんOK

remove_filter以外のコードを削除してください

対応としては、TinyMCE Advancedを使用しているのでのOPTIONのStop removing the <p> and
tags when saving and show them in the Text editorにチェックをいれています。確認ですがこれは不要な <p> タグと
タグを削除する機能を止めるためですよね？

ちょっと使ってないのでよくわかりません。プラグインを外してテストしてみてください