アドレス変更が正しく行われたかわかりません

会社でブログを作る事になり、初めてインストールし一度テストサイトを作成したのですが、アドレスを変更できるとわかり、実際の運用前に

http://www.xxx.or.jp/wordpress/
から
http://www.xxx.or.jp/blog/
というアドレスに変更しようとしました。

見た目にはうまくいったように思ったのですが、アドレスがトップ以外はすべてindex.phpというアドレスが入ってしまいます。

ちなみにパーマリンクも月と投稿名で設定しておりますので、
http://www.xxx.or.jp/blog/index.php/2009/07/投稿名
や、
http://www.xxx.or.jp/blog/index.php/独立ページ名
というようなアドレスになってしまいます。

ちなみに変更手順は以下の通りに行いました。
wordpressをルートにインストール。
同じくルートにblogというフォルダを作り.htaccessファイルを作成、index.phpファイルをwordpressフォルダよりコピー。ちなみにDreamweaverを使用しているので、自動的に変更箇所のurlがアップデートされ../wordpress/wp-blog-header.phpに変更になりました。
パーマリンクを設定。

気がついた時にはパーマリンクの設定画面に既にindex.phpというアドレスが書き込まれていました。

index.phpがアドレスに常に含まれている以外は特に挙動に問題は無いように思います。

どなたかご教授いただけましたら幸いです。