カスタムフィールド絞り込み　クエリが長時間残る

お世話になります。
現在、不動産サイトを制作しており、カスタムフィールド値で絞り込み検索機能を作成しています。

一つの絞り込み条件の時は問題が無いのですが、複数の絞り込み条件を指定した際にmysqlのクエリが長時間残る問題が発生し、サーバ会社からサービス停止の連絡が来ており対処に困っております。

サイドバーに
「家賃」
10万円以下
10～12万円
[–中略–]
敷金なし

「間取り」
ワンルーム
1K
1DK
[–中略–]
4LDK
5K以上
等のチェックボックスを表示させて、チェックが入ったものをコンテンツの箇所に絞り込み表示させるようなイメージです。

コードが長いので、「ペーストビン」にコードを投稿させていただきました。
■index.php（絞り込みの処理・記事の表示）
http://pastebin.com/3zsAJfJS

■sidebar.php（絞り込み条件）
http://pastebin.com/N0tDbbHN

複数条件を指定してMysqlに負荷がかかっている状態のprocesslistは下記のようになっています。
+———+——–+———–+—————-+———+——+———————-+——————————————————————————————————+
| Id | User | Host | db | Command | Time | State | Info |
+———+——–+———–+—————-+———+——+———————-+——————————————————————————————————+

| 1204276 | msadmin | localhost | wp_takuto_test | Query | 17 | Copying to tmp table | SELECT SQL_CALC_FOUND_ROWS wp_posts.ID FROM wp_posts INNER JOIN wp_term_relationships ON (wp_posts |

+———+——–+———–+—————-+———+——+———————-+——————————————————————————————————+

投稿タイプは
function.phpに記載し、

カスタムフィールドは
「Advanced Custom Fields」
を使っています。

タクソノミーは
「Custom Post Type UI」
を使っています。

query_postsやmeta_queryの事について、色々なサイトを見ながら調べておりますが、原因と解決策が分からず困っております。

何卒、よろしくお願いいたいします。