カスタム分類の項目を予めセットしておきたい

こんばんわ、scanner0928さん。

以下をお使いのテーマのfunctions.phpに追加していただければ大丈夫だと思います。

function my_wp_insert_term() {
	$terms   = array();
	$terms[] = array( 'name' => '北海道', 'slug' => 'hokkaido' );
	$terms[] = array( 'name' => '青森', 'slug' => 'aomori' );
	$terms[] = array( 'name' => '秋田', 'slug' => 'akita' );
	$terms[] = array( 'name' => '新潟', 'slug' => 'niigata' );

	foreach ($terms as $term) {
		wp_insert_term( $term['name'], 'area', array( 'slug' => $term['slug'] ) );
	}
}
add_action( 'init', 'my_wp_insert_term' );

上記の例では add_action を initで実行しています。あと、init で実行している為、insert したタームは管理画面での削除ができません。なので、init で実行するのを after_switch_theme とかにした方が、管理画面には優しいかもしれないです。
after_switch_theme で実行する場合、テーマをONにした時に実行されます。一度他のテーマに切り替えていただいてから、再度テーマを戻してください。

scanner0928さん

ユーザーというのは、管理者以外の登録ユーザーですかね？
それであればユーザー権限を変更して、タクソノミー area を削除 / 編集出来ないようにしてしまえばいいと思います。register_taxonomy でタクソノミーを作成する時に capabilities というパラメーターで権限を作ればいいです。作った権限を付与したり削除したりなどは、User Roll Editor というプラグインが簡単です。
管理者も管理画面から変更できないとなると、途中で仕様変更があった時に面倒臭いと思いますので。

勉強については、WordBench(勉強会的な)やWordCamp(お祭り的な)というのがあります。そこで色々な方とお話しすると面白いかもしれません。
実際に手を動かす時は、WordPress Codexを読みながら作業したりしています。上記のリンクは日本語版ですが、英語版の方が最新で差分もありますので、両方確認する事を勧めします。
あとは、「この関数なにしてんの？」という時は、こちらのサイトで関数名で検索 (検索窓とかないので、ブラウザーの検索機能(Cont + F)とかで検索) して中身をみています。