カスタム構造でカテゴリごとに年別のアーカイブを付けたい

WordPress は、リクエストされたURLを元に、投稿なのか、カテゴリーなのか、はたまた年別アーカイブなのかを判断し、それに合った条件の記事を表示しようとします。

カテゴリーのURLに category などの文字列が入るのは、上記の判別が明確となるように設定されているものです。これを取り除くことは、この判断が不明確となるため、個別投稿ページのURLがカテゴリーへのリクエストとして判断され、404表示となってしまうことに繋がります。

WP No Category Base が、どのようにしてこれを防止しているかというと、全てのカテゴリーのスラッグをリストアップし、これらのみをカテゴリーへのリクエストであるとすることにより、投稿へのリクエストなどと分離を行っています。

もし、今の状況から一番簡単に解消を図るのであれば、WP No Category Base の 70-72行目の後に年別のリライトルールを追記するのが一番簡単ではないかと思います。
※ 本来、4年も更新されていないプラグインを利用することは、セキュリティの観点から、プラグイン自体の改変は、プラグインがアップデートされた際の保守性からオススメしません。

カテゴリベースを通常投稿トップとする

というのが、よく分からないのですが、具体的に何をどのように設定したのか説明いただけますでしょうか。