カテゴリのURLをカスタマイズしたい。

item のプロジェクト名で、商品はカスタム投稿タイプで作るのが通常ではないでしょうか。
ECサイト用のCMSでは、標準装備してるでしょう。
タワーレコードのオンラインサイトなどがそうですね。ECサイトではユーザーとのレスポンスが重要ではないかな。

商品階層次第に成るでしょうが、投稿ページで商品を管理してるとしたら item カテゴリーにして、パーマリンクをcategory/postnameにしてはいかが？

または、サイト自体をサブディレクトリ（item）にする。
わたしはトップサイトと商品サイトは別にして、ドメイン/item というサイト階層にしてます。