カテゴリ名変更によるパーマリンク変更の対処

わけあってカテゴリ名を変更する必要があって、それによってコピーコンテンツが出来てしまった症状等を解消したいと思っています。

現在パーマリンクは

共通設定：
ドメイン/%category%/%postname%.html

カテゴリベース：
デフォルトカテゴリ名（未分類）/記事カテゴリ（任意の言葉）
（↑記事一覧のフォルダ構成はこれがベストと考え、「デフォルトカテゴリ名（未分類）/記事カテゴリ（任意の言葉）/一覧カテゴリ名」というURLになるようにしました。）

としています。

デフォルトカテゴリ「未分類」の優先度が一番高いと解釈しておりまして、この名前（スラッグも）を

未分類→カテゴリA

としました。
そして、全ての記事をカテゴリAに紐づけると、

ドメイン/カテゴリA/記事名.html

というURLになり、フォルダ構成がきちんと成り立っているのでSEOに強いだろうという考えです。

ところが、この仕組みを理解していない利用者が、カテゴリ名を例えば以下のように勝手に作成しました。

未分類→カテゴリa（SEO的に良くないスラッグ）
カテゴリb（新規作成）

そして、カテゴリbだけの記事なども作成していました。

この状況を解消すべく、

カテゴリa→カテゴリA
全ての記事にカテゴリAを紐づけ（カテゴリbのみだった記事はカテゴリAとカテゴリbの両方に属すように変更）
パーマリンク設定のカテゴリベース：カテゴリa/記事カテゴリー→カテゴリA/記事カテゴリ

という作業をしたのですが、結果以下のようなページ（URL）が出来てしまいました。

ドメイン/カテゴリA/記事カテゴリ/カテゴリA（これが要望通り）
ドメイン/カテゴリb/記事カテゴリ/カテゴリA（コピーコンテンツ）
ドメイン/カテゴリb/記事名.html（記事をカテゴリAに紐づけ治したにも関わらず以前のカテゴリbのまま。フォルダ構成が理想とならず。）

カテゴリ名やパーマリンクの記述を変更すれば、全ての情報がそれに変更されると思っていたので、どうしたものか困っています。

カテゴリaを完全消去する方法
カテゴリbよりカテゴリAを優先する方法

などご存じないでしょうか。
phpMyadminが触れる環境ですので、データベースの中身を触るような方法でも結構です。

何卒よろしくお願いいたします。