コメント欄の内容から任意のIDタグを参照し紐づけするシステム

はじめまして。
ちょっとタイトルが分かりづらいかもしれませんが、簡単に説明する為にあるサイトを引用させてもらいます。
ttp://ryusoku.com/archives/3665360.html
このサイトのようなことがまずはしたいです。
本文にそれぞれレスIDをつけ、コメント欄でそこへアンカー(>>nn)をつけるとポップアップなりページ内リンクなりを付けれるというものです。

なぜWordPressかと言うと、そこからさらに自分でいじりたい為です。
最終的にはコメント内に特定の文字列を発見した場合、別のアクションを起こす、みたいなことがしたいのですが…。

まずはコメント内容から特定の文字列(この場合>>nnなど)を見つけるということをしたいときに、Wordpressでどこをいじればいいのか分かりません。
<?php comments_template(); ?>の中身でしょうか？

そしてもしポップアップを実装したい場合、Javaを使うことになると思いますが
作って置いたJavaを外部から呼び出すという形で使うこととなる認識で合ってますか？

勉強が足りないゆえ質問が的を射ないかもしれませんが、どなたかご教授宜しく御願い致します。