コメント通知メールのヘッダーを編集したいのですが・・・

フィルターフックを使用して変更できます。
件名は’comment_notification_subject’、ヘッダーは’comment_notification_headers’がありますので、利用しているテーマのfunctions.phpでそれぞれ次のようにして利用するとたぶん変更出来ます。
　

function 任意のフィルタ関数名($subject) {
	/* $subject に対する処理 */
	return $subject;
}
add_filter('comment_notification_subject', '任意のフィルタ関数名');

　
プラグイン_API#フィルター – Codex 日本語版
プラグイン_API/フィルターフック一覧#管理画面関連のフィルター – Codex 日本語版