サイトのアドレス(トップページ)の設定方法について

はじめまして。
当方WordpressもPHPも初心者のため、
ご迷惑をおかけするかもしれませんが、
よろしくお願い致します。

ロリポップのレンタルサーバーと
wordpressの無料配布テンプレートを利用して
ブログというよりHPのリニューアルを行っています。

困っていて、教えていただきたいのは、
サイトのアドレス・トップページ(フロントページ)の設定方法についてです。
ネット、書籍を利用して色々調べて、試してみましたが、
どうしても解決できずに大変困っております。

※フォーラムでもwordpressとサイトのURLを別のディレクトリに
変更する件、がいくつかあり参考にさせてもらいましたが、
それでもまだ問題解決に至っておりません。

[質問]
トップページのアドレスを指定する方法は、
管理画面の「設定」→「一般設定」にある
「サイトのアドレス（URL）」以外に何か影響を及ぼすものは、
あるのでしょうか？

と言いますのは、
現在利用している無料配布のwordpressのテンプレートが、
どうやらPHPのスクリプトで、条件分岐というのでしょうか
「トップページであるならば、
・ヘッダーの下にトップページ用の画像　と
・カスタムフィールドで指定したカテゴリの要約ボックス(新着情報など)
を表示させる」
というようなことをさせています。

しかし、サイトのアドレス・トップページの指定が
wordpressのシステムの中で、上手くなされていないために、
上記の画像と要約ボックスが表示されないのです。

これまでの経緯としまして、
(少し長くなりますが、お許し下さい。)

wordpressを利用するにともない、
ドキュメントルートの下に/wordpress　を作成し、
インストールを行い、そこでリニューアル用の作業を行っていました。
（作業が一旦終了したので、本番環境との切替作業として）

次に、リニューアル切替作業として、
wordpressとサイトのURLを別々のディレクトリに設定する
という作業を下記のページを参考に行いました。
(※参考：　http://wpdocs.sourceforge.jp/Giving_WordPress_Its_Own_Directory　)

しかし、設定間違いや作業ミスをしたために、
管理画面にログインできなくなり、
下記のページを参考に、wp-config.phpを修正することで
ログイン出来ない問題は解消できたのですが、
それでは、『WordPressのアドレス（URL） はグレーで表示される』
不具合に直面したため、
phpMyAdminでデータベースを修正することで、
管理画面にログインできなくなる問題は解消しました。
(※参考：　http://www.adphic.jp/wp/category/trouble/　)

それでも、もとの問題は解決しませんでしたので、
(※念のために、トップページには他の画像も表示させていますが、
それらは正常に表示されています。)
色々と調べると、.htaccess のパーミッションと変更内容
というのがありましたので、これも確認して、
対応をさせておきました。
(※参考：　http://suirakukai.com/wordpress/22/wordpress-change-in-directory/　)

それでも、問題は解決しませんでした。

※この時の管理画面での「一般設定」は、
wordpressのアドレス(URL)　http://www.example.com/wordpress
サイトのアドレス(URL)　　　http://www.example.com
です。

この状況で、http://www.example.com/wordpress　にアクセスすると、

・ヘッダーの下のトップページ用の画像　と
・カスタムフィールドで指定したカテゴリの要約ボックス

はきちんと表示されているのです。(故に、テンプレートには、
問題は無いと思っております。)
※あくまでもサイトのトップページに指定したいのは、
http://www.example.com　です。

故に、サイトのURLの設定がきちんと反映されていないのではと思い、
さらに色々と調べていると、
「WordPressフォルダ内にindex.phpや.htaccessファイルが残っている」
などのことが書かれている記事がありましたので、
上記の2つのファイルを一旦削除してみましたが、
それでも問題は解決しておりません。
(※参考：　http://word-express.net/wp-6/　)

※現在は、ドキュメントルートの直下は、
index.php
.htaccess
/wordpress　（←フォルダとデータ一式）
のみとなっております。

何か基本的なところでつまずいているかと思うのですが、
それが分からずに困っております。

一旦、データのバックアップを取って、
もう一度、再インストールとデータのインポートを
行うしか解決方法はないのでしょうか？

余計なことまで書いてしまっているかもしれませんが、
出来るだけ経緯と現状を詳しく説明することで、
何か解決のヒントをいただければと思い、
質問をさせていただきました。

何卒よろしくお願い致します。