サイト内検索時にフリーワードとその他条件の併用ができない

お世話になります。

サイト内絞込み検索の実装を試みておりますが、表題の通りで、フリーワード入力時にカテゴリやカスタムフィールドなどの条件が併用できずに行き詰っています。
テーマはstinger3をカスタマイズして利用しています。
以下、コードです。

■検索フォーム

<form id="searchform" name="sitesearch" action="<?php echo home_url(); ?>/" method="get">
<input name="s" id="s" type="text" />
<input id="submit" type="submit" name="submit" value="検索" />
<input id="カスタムフィールド１" type="checkbox" name="カスタムフィールド１" value="on">カスタムフィールド１
<input id="カスタムフィールド２" type="checkbox" name="カスタムフィールド２" value="on">カスタムフィールド２
カテゴリ：<?php $selectcatnum = $_POST["cat"];
			$selectcatnum_op = 'show_option_all=指定しない&hide_empty=0&depth=1&hierarchical=1&exclude=1&title_li=&selected=' .$selectcatnum;
			wp_dropdown_categories( $selectcatnum_op ); ?></p>
</form>

■function.php（関連しそうな部分を抜粋）

global $my_public_query_vars;
$my_public_query_vars = array( 'カスタムフィールド１', 'カスタムフィールド２' );

function my_query_vars( $public_query_vars ) {
    global $my_public_query_vars;
    return array_merge( $public_query_vars, $my_public_query_vars );
}
add_filter( 'query_vars', 'my_query_vars' );

function my_pre_get_posts( $query ) {
    if ( ! is_admin()  ) {
        $meta_query = array();

        global $my_public_query_vars;
        foreach ( $my_public_query_vars as $key ) {
            if ( $val = $query->get( $key ) ) {
                $meta_query[] = array(
                    'key'   => $key,
                    'value' => $val,
                );
            }
        }

        if ( ! empty( $meta_query ) ) {
            $query->set( 'meta_query', $meta_query );
        }
    }
}
add_action( 'pre_get_posts', 'my_pre_get_posts' );

function SearchFilter($query) {
	if ($query->is_search) {
		$query->set('post_type', 'post');
	}
	return $query;
}
add_filter('pre_get_posts','SearchFilter');

function custom_search($search, $wp_query  ) {
	//query['s']があったら検索ページ表示
	if ( isset($wp_query->query['s']) ) $wp_query->is_search = true;
	return $search;
}
add_filter('posts_search','custom_search', 10, 2);

■検索時の挙動
「カスタムフィールド＋カテゴリ」で検索した場合、正常に検索結果が表示されます。
「フリーワード＋カテゴリ」で検索した場合、選択したカテゴリは無視され、フリーワードのみでの検索結果が表示されます。
「フリーワード＋カスタムフィールド」で検索した場合、条件に合致していても検索結果は０件となります。

お手数ですが、問題の解決策またはアドバイス等いただけましたら幸いです。
よろしくお願いいたします。