namizakiさんこんにちは。僕も全く同じ問題で悩んでいました。ドメイン直下ではなく、専用ディレクトリ（サブフォルダ）にWPをインストールして、マルチサイトをサブディレクトリで運用することは勿論できますが、結論的に言えば、子サイトを、ドメイン名/○○○/ で表示することはできません。
英語ですが、こちらの投稿に、サブフォルダにWPをインストールしてマルチサイトを運用する場合の注意点がまとめられています。
http://wordpress.org/support/topic/multisite-and-non-root-install
それを参考に解説すると、ドメイン直下に“blogs”というフォルダを作り、そこにWPをインストールすると、サイト全体の構成は以下のようになります。
ドメイントップ：domain.com HTMLで普通のホームページを作る。
メインブログ：domain.com/blogs
メインブログ内のページ：domain.com/blogs/pagename
メインブログの投稿：domain.com/blogs/blog/%permalink%
ここで注意しなければいけないのは、投稿記事のURLに、/blog/ というスラグが自動的に加えられてしまうことです。サブブログとの関連でパーマリンクのエラーを未然に防ぐためのWPのデフォルトの設定です。要するに、/blog/ をつけておかないと、パーマリンク全体が混乱してしまう恐れがあるからです。
従って、マルチサイト化をしないで、普通にWPをサブフォルダにインストールした時のように、投稿記事のURLを、domain.com/blogs/%permalink% にすることもできないと思います。
なので、/blog/ スラグが入ることを前提に、WPをインストールするフォルダ名を考えた方が良いですね。この例のように、blogsなどではなく、メインブログのキーワードなどが良いかもしれません。
２つ目以降の子サイト（サブブログ）のURLは以下のようになります。（３つ目、４つ目も同様で、サイトネームが変わるだけです）
サブブログ：domain.com/blogs/sitename
サブブログ内のページ：domain.com/blogs/sitename/page
サブブログの投稿：domain.com/blogs/sitename/%permalink%
子サイトの投稿URLには、子サイトの名前が挿入されるので、メインブログのように、/blog/ スラグが追加されることはありません。
最後に、子サイトを、ドメイン名/○○○/ で表示することはできない理由ですが、子サイトを生成するためには、WPの本体がインストールされている、domain.com/blogs の wp-admin フォルダーにどうしてもアクセスする必要があるからです。
つまり、子サイトのURLが、ドメイン名/○○○/ だと、wp-admin フォルダーにアクセスできません。このように物理的に、サブフォルダにWPがインストールされている場合、そのフォルダが、URLに必ず含まれていなければならないのです。
但し、ドメイン直下にWPをインストールすれば、子サイトのURLを、ドメイン名/○○○/ にすることができます。サイト名の/○○○/をヴァーチャルフォルダーとして運用できるからです。
まとめると、WPをサブフォルダに入れてマルチサイトを運営する場合の注意点は２つある。１つは、メインブログの投稿URLに、blogという余分なスラグが入ってしまうこと。２つ目は、子サイト（サブブログ）のURLが、domain.com/blogs/sitename のようになる。
また、子サイトのサイトネームには、blog を使うことができず、他にもWP側で禁止されている言葉がいくつかある。つまり、domain.com/blogs/blog という子サイトは作れない。これは明らかに、メインブログに、/blog/ というスラグが使われるので、パーマリンクの混乱を防ぐためでしょう。
このようにURL的には、制限が非常に大きいと感じますが、WPをインストールするフォルダー名やサイト名に、そのブログのキーワードを使用するなどの工夫をすれば、それほど気にならなくなると思います。
ブログがメインの場合は、ドメイン直下に、WPをインストールすれば良いでしょう。でも、ドメイントップに、HTMLで普通のホームページを展開し、それをメインとする場合は、そのホームページを補足するために、サブフォルダにWPをインストールして、マルチブログを展開するのはとても賢いやり方だと思います。
