サブディレクトリで複数サイト運営時のHTML編集について

詳しい状況がわかりづらいですが・・
私も最近サブディレクトリにてサイトを運営開始しました。
テーマも複数インストールしネットワーク上で有効化してあります。
サブディレクトリごとにユーザーを割り当てて、各ユーザーに各サイトの管理者権限を付与しています。
各ユーザーにてログイン編集すれば問題なくテーマ選択、固定ページを自由に追加編集可能です。

内容から推察すると権限の問題のように思われます。
editorリンクが表示されないとのことですが、日本語表記では固定ページの「編集」の事でしょうか
間違っていたら申し訳ありません

「それぞれで同じテーマを使っているがそれを編集したい」ということですよね？

マルチサイトの場合テーマの編集はネットワーク管理から行います。(個別サイトには表示されません。)
同じテーマを利用しているのであれば、どちらのサイトもそれを読みに行っているので両方のサイトに影響します。

代替策としては…子テーマでサイト毎に分けることを考えてください。