サブディレクトリ内のページが表示されなくなった

現在、ルートディレクトリとサブディレクトリそれぞれ1つずつインストールしています。
ルートディレクトリは問題なく表示されますが、サブディレクトリ内のページが
突然表示されなくなる現象が発生します。特に何も変更はしていません。
ページを開こうとすると、ルートディレクトリのエラーページが表示されます。

インストール当初は、問題なく表示されていましたが、ある日突然この現象が発生しました。
パーマリンクはそれぞれ「/%postname%.html」を設定し、「.html on PAGES」プラグインを使っています。
パーマリンクを「基本」へ変えれば表示されます。

例えば「ab-c.com」と「ab-c.com/item/」があるとして、「ab-c.com」のページ全体へのアクセスは問題ありません。
ですが、「ab-c.com/item/contact.html」などのページにアクセスしようとすると、表示されず、エラーページが表示されます。

同じ状況で作成している全ての4.4.2環境で発生していると思います。
どのような原因が考えられますでしょうか。
よろしくお願いします。