サブドメインから独自ドメインへのドメイン変更

現在、私はサーバーから貰ったサブドメインでサイトを運営しています。
最近独自ドメインを契約したのでドメイン変更をしたいと思っています。

変更の仕方についてはなんとなく分かるので問題ありません。
問題なのは、現在サブドメインなのでウェブマスターツールのアドレス変更ツールが使え無いことです。
アドレス変更ツールを使わないと、やはりサイト(ドメイン)の評価は下がるのでしょうか？
どうすれば、サイト(ドメイン)の評価を保ってドメイン変更できるでしょうか？
お願いします。教えて下さい。