ショートコードが存在したときにだけJavascriptをロードさせたい

挙動がどうだったか確かではありませんが、本文部分でフィルタかけて処理するので、フッタで処理してやらないとダメだと思います。（wp_headの処理が終わってる）

wp_enqueue_script

の第５引数をtrueでフッタに読ませるとかはダメですかね？
挙動的にダメかな・・・

ショートコードが存在する場合だけ、css, js を読み込ませたいと言うことですが、僕の作ったプラグインでは実現させてます。
http://wordpress.org/extend/plugins/syntax-highlighter/
http://wordpress.org/extend/plugins/google-maps-anywhere/

以下のような感じで、$wp_query->posts に目的のショートコードが含まれているか正規表現でチェックし、無ければ wp_enqueue_script() を呼び出さないようにしてます。
詳しくは、上述のプラグインのソースを眺めて見てください。

add_action('wp_print_scripts', array(&$this,'addScripts'));

function addScripts() {
	if (!hasShortCode('shortcode'))
		return;
	wp_enqueue_script('hogehoge', 'http://example.com/fugafuga.js');
}

function hasShortcode($shortcode) {
	global $wp_query;

	$posts   = $wp_query->posts;
	$pattern = '/\[' . preg_quote($shortcode) . '[^\]]*\]/im';
	$found   = false;
	$hasTeaser = !( is_single() || is_page() );

	foreach($posts as $post) {
		if (isset($post->post_content)) {
			$post_content = $post->post_content;
			if ( $hasTeaser && preg_match('/<!--more(.*?)?-->/', $post_content, $matches) ) {
				$content = explode($matches[0], $post_content, 2);
				$post_content = $content[0];
			}

			if ( !empty($post_content) && preg_match($pattern, $post_content) ) {
				$found = true;
			}
		}
		if ( $found )
			break;
	}
	unset($posts);
	return $found;
}