ショートコード内に変数を展開したい。[Easy Timer]

現在の時間に待ち時間の時間と分を加えた時刻をカウントダウンの終了時刻とするのでしたら、相対的な指定も可能なので、次のようにしてみてはいかがでしょうか？
　
http://www.kleor-editions.com/easy-timer/en/#part3.6

3.6 Relative Dates

It is possible to specify a relative date for the date attribute, like this:

[countdown date=+d:h:m:s]
Just [timer]![after]Countdown ended!
[/countdown]

d = number of days
h = number of hours
m = number of minutes
s = number of seconds

In some cases, you can specify the duration differently:

+d is equivalent to +d:0:0:0
+d:h is equivalent to +d:h:0:0
+d:h:m is equivalent to +d:h:m:0

$machiji= '[待時間時]'; //カスタムフィールドより待時間（時）を取得
	$machifun= '[待時間分]'; //カスタムフィールドより待時間（分）を取得
	echo '待時間' . "には「{$machiji}:{$machifun}」と代入されています。";
	$waith = $machiji ? $machiji : 0;
	$waitm = $machifun ? $machifun : 0;

	$text_to_shortcode_1 = "予定時間まであと";
	$text_to_shortcode_2 = "予定時間になりました";

	echo do_shortcode('[countdown date=+0:'. $waith .':' . $waitm .']'.$text_to_shortcode_1.'[mstimer]'.'[after]'.$text_to_shortcode_2.'[/countdown]');

待ち時間の変数への代入も問題ないのですね？（表示確認部分できちんと表示される。）

$machiji= '[待時間時]'; //カスタムフィールドより待時間（時）を取得
	$machifun= '[待時間分]'; //カスタムフィールドより待時間（分）を取得
	echo '待時間' . "には「{$machiji}:{$machifun}」と代入されています。";

　
変数が展開されているかどうかは、生成されたショートコードを表示確認してみてください。
　

echo '[countdown date=+0:'. $waith .':' . $waitm .']'.$text_to_shortcode_1.'[mstimer]'.'[after]'.$text_to_shortcode_2.'[/countdown]';

　
Relative Dates（相対的な日付）によるカウントダウンの場合、タイマーを設置した投稿またはページへの初回アクセス日時のタイムスタンプをクッキーに保存して利用しています。
first-visit-[投稿またはページID]というクッキーがあったら削除してから確認してください。

確認していませんでしたが、上記のコードはテンプレート（～.php）ファイルに記述していますか？
いろいろな部分をカスタマイズしているのでしょうか？
通常は echo するだけでは実行されないので、現在の動作状態にしているコードを見つけて、動作を把握しておくのがいいと思います。
本体をカスタマイズする人もいると思いますが、動作の変更をするコードは、大体はテーマのfunctions.phpに記述しているようです。
Twenty ElevenでもTwenty Tenでもどちらでもいいのですが、カスタマイズしていない標準のテーマで、通常時の動作を確認してみてください。

もう一つ書き忘れていました。
Thirdwindさんのコードでは、日付が[ローカル日付＋”-“＋”待ち時間”＋”：”＋”待ち時間（分）”]となっています。
　

$settime = $local_date."-".$machiji.":".$machifun;//日付に時間を結合

　
例えば、日付が[2012/5/27]、待ち時間が[6]時間、待ち時間（分）が[10]分の場合、現在時刻に関わらずカウントダウン日時には[2012/05/27-6:10]がセットされてしまいます。
現在時刻が6:10分より前の場合はカウントダウンされますが、6:10分を超えている場合は、何時であっても[予定時間になりました]が表示されるのではないかと思います。
　
カウントダウンタイマー設置の目的によって、方法を決める必要がありますが、もしRelative Datesではなく、日時を直接セットする場合は、上記の問題がありますので、カウントダウン日時を決める部分を変更する必要があります。