スマホ版のブラウザから正しいURLにいけません

追記
プラグインを全て無効化した後、再度全て有効化しました。
今のところ、謎のデザインは出てこなくなりましたが、URl問題の原因は別にありそう？です。。。

ご回答大変ありがとうございます。
＞パーマリンク設定は、再設定していますか。
おかしくなってから、パーマリンクを変えればうまくいくのか？など試すために一度「再設定」は行いましたが、現在は元の設定に戻しています。

ご回答ありがとうございます。

自サイトのリンクとは、どこに貼り付けてあるリンクですかね？
＞Twitterですか？Instagramですか？

いいえ。検索した時に出てくる記事タイトルをクリックした時です。その際にメインページに飛ばされてしまいます。

事象が発生するリンクと発生しないリンク なのか事象が発生するページと発生しないページなのかの切り分け出来ていますか？

私の知識が不足しているためですが、後者でしょうか。。。該当URLを直打ちすればメインページに飛ばされることはないです。検索後のタイトルが並んでいるところからクリックすれば問題事象が起こります。

使用されているテーマは有償テーマのDiverですが、他のテーマに変えた場合でも発生しますか？Diverについては、このフォーラムではサポートしていません。

はい。他のテーマでも同様でした。

なんかこのプラグインが名前からして怪しい感じですが・・・
.htaccessに変な記述はありませんか？
もしくは変なリライトルールを追加したりしていませんか？

この現象が起こった後に、知識がなかったため、.htaccessが原因かもしれないと思い（.htaccessは触っていません。）その際に入れました。
.htaccdessの内容は以下です。こちらは当初から変更していません。
# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ – [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>

# END WordPress
SetEnvIf Request_URI “.*” Ngx_Cache_NoCacheMode=off
SetEnvIf Request_URI “.*” Ngx_Cache_StaticMode
ModPagespeed On
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTPS} !on
RewriteRule ^(.*)$ https://%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [R=301,L]

サイト復旧前も末尾に.html付けてたんですか？
Googleのキャッシュの可能性もありますので、Google Search Consoleで確認してみてはどうでしょう。
検索ページというのがBingならBing webマスター ツールになります。

はい。その通りです。<メインURL>/#article/<記事id番号>に対する、Google Search Consoleの結果は、URLがGoogleに登録されていません。となります。