タクソノミーアーカイブでページングすると違うテンプレートが適用され

＞mzplace様

有益な情報ありがとうございます！
しかしながらインストールしても状況は変わりませんでした。＾＾；
とはいえ、いただいた情報をヒントにひとつわかったのは

index.php を表示していたのではなく、404.phpが表示されている

ということです（404.phpを用意してみたら表示されました）。
調査の範囲はぐっと狭まりました。
逆にカスタムポストタイプのページネーションは上手くいっているのも謎です……。
http://～/ポストタイプ/page/2/　は問題ないのです。

＞LVP8様
ありがとうございます。なるほど、$wp_query->query はそのように使うのですね。

query_posts( array(
    'post_type' => 'sounds',
    'posts_per_page' => 5,
    'order' => 'DESC'
    ),
    $wp_query->query
);

と記述してみましたが、やはり404.phpが表示されました。
wp_reset_query() はコメントアウトしてあります。

プラグインを使わず function.php に記述して rewriteを変更→パーマリンク設定更新
をやってみたのですが、with_front、hierarchical、どちらを使う設定もダメでした。

register_taxonomy(
    'genre',
    array (
        0 => 'sounds',
    ),
    array(
        'hierarchical' => true,
        'label' => 'ジャンル',
        'show_ui' => true,
        'query_var' => true,
//      'rewrite' => array( true, 'with_front' => false ),
        'rewrite' => array( 'with_front' => true, 'hierarchical' => true ),
        'singular_label' => 'genre'
    )
);

検索するとかなりポピュラーな詰まりどころなのに、コレという解決法はなかなかないですね……。

＞popup様
ありがとうございます。
おかげでだいぶスッキリいたしました。スラッグについても仰る通りでした。

global $wp_query;
$args = array_merge(
  $wp_query->query,
  array(
    'posts_per_page' => 5
  )
);
query_posts( $args );

ページによって表示件数を変更するということについては表示設定のほうを「1件」にすることで対応できました。

ありがとうございます。
pre_get_postsで数を変更、さらに is_main_query()でメインかどうかの判別ですか。
なるほどーー。奥が深いです。