タクソノミー（カテゴリ）タームの親子関係でのURL重複問題に関して

例えばカテゴリに親子関係がある場合、以下2つのURLが存在することになります。
・ドメイン/親/子
・ドメイン/子

SEO的に考えれば、重複コンテンツと見られてマイナスだと思います。

カテゴリに関しては
https://ja.forums.wordpress.org/topic/27738?replies=2
で解決できるかもと思ったのですが、当方はカスタム投稿タイプで作成したタームの問題で困っています。

・ドメイン/カスタム投稿タイプ/親ターム/子ターム
・ドメイン/カスタム投稿タイプ/子ターム

が存在し、サーチコンソール（旧ウェブマスターツール）で指摘され、インデックスもされています。

・ドメイン/カスタム投稿タイプ/親ターム/子ターム（できればこちらが理想）
もしくは
・ドメイン/カスタム投稿タイプ/子ターム

のみにする方法はありませんでしょうか。

これらターム一覧のページはサイトにおいて重要なページになるので、インデックスしないわけにはいきません。
タームの数が1800ほど（日本全国の市区町村を作成してます）あるので、手作業での対処も現実的ではありません。

ダッシュボード＞設定＞パーマリンク　にある
チェックした場合、カスタム分類のアーカイブのパーマリンクは ドメイン/post_type/taxonomy/term. に変更されます。
にチェックを入れても入れなくてもURLは重複します。

何卒アドバイスよろしくお願いいたします。