ダッシュボードが表示できなくなってしまいました。

・・・と書いている途中で新しい書き込みがあったので、改めて確認します。

全てのphpの頭に謎のコードを埋め込まれたようです。

というのは、実際にPHPファイルに埋め込まれていたんですか？　だとしたら、前言撤回で危ないことになっている可能性ありますね。

ブラウザで見たらコードが表示されたということで、実際にPHPファイルに埋め込まれたわけではないと思うのですが、全てのPHPの頭と書かれていますが、本当に全てのPHPファイルを実際に開いて確認したんですか？？？

ちょっと理解できない現象ですね・・・

既に［解決済み］にされていますが、まだ議論が続きそうなので、現象自体は解決されたようですが、その原因などが全く不明のままなので、一度［解決済み］を外していただけるとご自身がさらに書き込みを続けておられることと、それに対して回答をつける側もやりやすくなります。

まず、WordPress3.1.4に入れ替える際、「wp-content」だけを残された理由は何ですか？

最初わたしは単なるアップデートミスでのことかと思っていましたが、結果的に大きな問題になっているようなので、wp-contentだけ残すのではなく、全て削除して新たに3.1.4を入れなおしたほうがいいと思います。

今回のケースには当てはまらないかもしれませんが、すべてのPHPファイルにデータの書き込みがみられたほど大掛かりなことだったとすると、最悪のケースではデータベース内にも何か仕組まれてしまっている可能性も少なからずあります。

phpAdminなどでデータベースを一度ダウンロードし、中身をすべて検査するだけの時間の余裕と力量がおありになるならいいのですが、そうでない場合は、データベースも削除して最初から作り直すくらいのほうがいいと思われます。

wp-config.phpを444にされたのはいいとして、phpファイルを705にした理由は何ですか？

サーバ環境が書かれていないのでわかりませんが、phpファイルは705にしないと動作しない環境ですか？

今後同じようなことが発生しないためにも、以下の情報を教えてください。

１）ご利用になられているサーバ環境（レンタルサーバならその名称を含めて）
２）ご利用になられていたテーマ（利用はしていないがインストールはしているというものがあればそれも含めて）
３）ご利用になられていたプラグイン（有効化していないがインストールだけはしているというものがあればそれも含めて）

特に２）３）では、WordPress公式のテーマやプラグインのダウロードページ（サイト）からではない場所から取得されたものがある場合、それらに今回の原因が含まれている可能性があります。

また、

４）eval(gzinflate(base64_decode(…. をデコードして、何が書かれていたか教えてください。

上記４）については、既に削除してしまったからわからないということであれば仕方ありませんが、実際には何が仕組まれてしまったのかを把握することも解決には不可欠な要素のひとつだと思います。

> まず、WordPress3.1.4に入れ替える際、「wp-content」だけを残された理由は何ですか？

一番大きかったのはめんどうだからというのが一番です。

今回のように危険性の高い、特にファイルが何者か、あるいは何かのプラグラムによって書き直されてしまったり書き加えられてしまったりした場合の対応として、「めんどうだから」はいけません。
今回は、aeiicさんのサイト内だけ、しかも、PHPファイルへの追記だけで留まっていたようですが、wp-contentの中には読み書き可能なパーミッションになっているuploadsなどのディレクトリもあるかと思います。書き込み可能になっていれば、当然uploads内に特殊なファイルを誰かあるいは何かが設置することもできますよね。
また、ブラウザで誰かがaeiicさんのブログを見にきた時、仕組まれたものによっては、その閲覧者のブラウザに何かを仕込んでしまうことも考えられます。
つまり、自分は被害者であると同時に加害者にもなり得ることを考えて、対応するなら怪しいであろうものは全て削除してインストールし直すしかありません。
作業が面倒だからという理由で放置することによって、二次被害、三次被害と拡大する可能性、そして、その元凶が自分になってしまう危険性も考えましょう。

> wp-config.phpを444にされたのはいいとして、phpファイルを705にした理由は何ですか？

WordPress パーミッションでGoogleで検索すると、2.xxがヒットする事が多く、パーミッションの設定を後回しにしてしまったので、今回
WordPress パーミッション 3.1
で検索したところ、さくらインターネットのWordPressのインストール方法という解説部分で*.phpを705にせよという解説がなされたためそれにならいました。

それは、PHPをCGI版として動作させる場合に必要な処理です。
通常、アップロードするとPHPファイルのパーミッションは644になっていると思いますが、そのまま変更する必要はありません。心配なら604にするなどの方法もありますが、第三者に対する書き込み権が付いていない（644には第三者への書き込み権はついていません）状況なら問題はありません。
現に、wp-config.phpもPHPファイルには違いありませんが、705でなくても動作しているでしょう？

今回のことでパーミッションに対する意識が高まったことはいいことだと思いますが、自分の環境では何が一番いいのかなどはもう少し勉強されたほうがいいでしょう。
どうしていいかわからない場合は、レンタルサーバをご利用のようですから、プロバイダにお尋ねになるのが一番だと思います。
特に今回は、まだどうして発生したのかわかっていませんから、もしも、パスワードが漏洩していて所謂なりすましによるアクセスがあったとしたら大変ですから、プロバイダに報告のうえ、パスワードは変更したことも伝えておいたほうがいいかもしれません。

テーマとプラグインについてですが、お使いになっていたneutralというテーマには問題ないようです。

プラグインについては、全部調べるにはわたしだけだと時間もかかりそうなので少しずつ見ていけたらと思っていますが、ひとつだけ気になることがあります。

WPTouchのバージョンはいくつですか？

aeiicさんがこのフォーラムに登録されたのは7月12日となっていますので、もしかしたら、「パスワードリセット」をお読みになられていなかったりします？　

パスワードのリセットは不要ですが、その記事にあるとおり、「AddThis」「WPtouch」「W3 Total Cache」を使っている場合、バージョンによっては悪意のあるコードが仕込まれている危険性があります。

もしかしたら最新版にアップデートしておらず、ちょうどそのコードが仕込まれた版を使っていたがために発生したことかもしれません。

上記記事をよくお読みの上、かつ、上記記事に含まれている、いないに関わらず、新しいバージョンが出ているプラグインがあったら、即刻アップデートしておくことをお勧めします。

プラグインに限らずWordPress本体もアップデートするからには理由があります。その多くは新機能への対応よりもセキュリティ面での改善が主であることが多いので、何をどのようにアップデートしているのかも常に意識しておきましょう。