テンプレートにタグを入れたい

elseif()をではなくて、elseじゃないですかね。

ちょうどWPMLを使ってサイト構築をしていたので、参考までに・・・。

いまWPMLという翻訳のプラグインを利用していて、英語版で画像を切替に悩んでいます。

とのことなので、WPMLで表示しているページの言語コードを取得し、それによってCSSの切り替えなどに利用する方法です。
使っているテーマの functions.php に以下のコードを追加します。

if (function_exists('icl_get_languages')) {
	if(!is_admin()) {
		$languages = icl_get_languages('skip_missing=1');
		if(!empty($languages)){
			foreach($languages as $l){
				if($l['active'])
					$lang_class = $l['language_code'];
			}
		}
	}
} else {
	$lang_class ="ja";
}

これで変数 $lang_class に現在表示しているページの言語コードが入ります（日本語=ja、英語=enなど。）プラグインが有効化されていない時は $lang_class ="ja" です。
後は日本語、英語で表現（cssや画像など）場所で変数を参照してあげればOKです。
becky_moniさんのコードを参考にすると

<?php
	global $lang_class;  // header.php で利用する場合はglobal宣言が必要
	if ($lang_class=='ja') {
	// 日本語の時
		$h2_ID="main_top";
	} else {
	//　日本語以外の時
		$h2_ID="en_top";
	}
?>
<h2 id="<?php echo $h2_ID; ?>"><?php bloginfo('description'); ?></h2>

※素人考えのコードなので検証はしていますが、不具合が出るかも知れません。
あくまで参考程度にとどめておいてください。

言語コードからならすべてに対応ができますね？

出来ます。言語が増えても（フランス語や韓国語など）大丈夫です。（私は６カ国語で運用しています）

ついでで申し訳ないのですが、サイドバーにリンクを表示してますが、自動に英語になりません。

上記のイメージがつきません。外部リンク、という考え方でしょうか？
私のやり方ですが、テーマのサイドバーでウィジェットが使えるなら、

1. 外観＞メニュー　で適当な名前を付けた外部リンク集を作る（例：外部リンク）
2. WPMLが有効なら1.で作ったメニューに対応する言語のメニューを作る（例：外部リンク（英語））
3. 外観＞ウィジェット　でカスタムメニューを追加する。カスタムメニューの「メニューを選択」のプルダウンから1.で作ったメニュー名を選択して保存。

他にもやり方はあると思いますが。これで希望通りになるでしょうか？
　

それと固定ページ（投稿は表示済）に限ってですが、管理画面に翻訳を編集するの鉛筆マークとプラスマークが出ないのですが、これは他のプラグインとのコンフリクトと考えても良いのでしょうか？　WP3.1にしたからなのかな？

当方は（クライアントの関係上） WordPress 3.0.5、WPML 2.0.4.1 で運用していますが、
上記の問題が再現できません。（他に有効化しているプラグインはWP Multibyte Patchのみです）
コンクリフトと推測されるならば、他のプラグインを一度停止して、一つずつ有効化するなど、問題の切り分けを行ってみてください。
それでも解決されないようならWPMLのユーザーフォーラムをチェックしてみてください。
http://forum.wpml.org/