こんにちは、
わたしは、テーマを作ったことがあるだけで、レビューチームなどには属していないので、
一般論でしか書けませんが、、、
機能的にecho でいけるところも printf で組まれているのはなぜ
例えば、翻訳文字列とhtmlを分離して書きたいような場合に使われるケースが多いと思います。
printf( '<span class="sticky-post">%s</span>', __( 'Featured', 'twentyfifteen' ) );
翻訳文字列には、htmlを含めることもできますが、それだと翻訳する人がいろいろ書き換えたりできるので、そういうのが困ると思う人は、
printf( '<span class="sticky-post">%s</span>', esc_html__( 'Featured', 'twentyfifteen' ) );
なんて書いたりする人もいます。
echo するのか、printf なのかは 厳密に決められてはいません。WordPressには、
wp_sprintf なんてのもありますが、あまり見ることはありません。
・外観カスタマイザーに記事ループのフィルター機能を組み込んでもよいでしょうか
（チェックボックスやカテゴリID指定でループ内容をexcludeする機能）
・ダメな場合、外観カスタマイザー以外（設定メニュー追加）ならよいのか、そもそもプラグインの範疇なのでテーマに組み込むべき機能ではないのかも知りたいです
・Jetpackの無限スクロールに対応するadd suport関数をfunction.phpに内蔵してもよいか
実装次第だと思いますが、例えば、jetpackがインストールされていて、ある機能がアクティブになっている場合に、カスタマイザーに変更機能が表示される。という作りなら、認められるかもしれないですが、デフォルトで、そういった機能が組み込まれているんだとすると、問題になるかもしれないです。
テーマでは、プラグインインストーラの機能を組み込むことも許可されているので、工夫次第ではないかと思います。
twenty fifteenのコーディング（= WPのコーディング規約？）はPHP界隈的にデファクトスタンダート（もっというとベストプラクティスに近いもの）と思ってよいのか
これについては、？です。
公式テーマの審査を受ける場合は、例えば、以下のような部分は問題になると思います。
<head>
<meta charset="<?php bloginfo( 'charset' ); ?>">
<meta name="viewport" content="width=device-width">
<link rel="profile" href="http://gmpg.org/xfn/11">
<link rel="pingback" href="<?php bloginfo( 'pingback_url' ); ?>">
<!--[if lt IE 9]>
<script src="<?php echo esc_url( get_template_directory_uri() ); ?>/js/html5.js"></script>
<![endif]-->
<?php wp_head(); ?>
</head>
以下のような、jsのハードコーディングは、拒否られるでしょう。
<!--[if lt IE 9]>
<script src="<?php echo esc_url( get_template_directory_uri() ); ?>/js/html5.js"></script>
<meta name="viewport" content="width=device-width">
<link rel="profile" href="http://gmpg.org/xfn/11">
も、問題になるかもしれません。
なので、公式に登録するという意味では、スタンダードと思わないほうがいいかも、
