ディレクトリ第二階層以下が表示されない

ドメインの下にディレクトリを作成しそこにワードプレスをインストールしました。

例）　https://example.com/aaa/

その後、固定ページを作成して表示の確認をしておりましたが、
ディレクトリ直下のリンクは表示されるのですが、
第二階層以下のページが表示されなくなっています。

例）
　https://example.com/aaa/ ←　適切なページが表示される
　https://example.com/aaa/top/ ←　500エラーになる

パーマリンクの設定は以下の通りです。
例）　https://example.com/aaa/sample-post/

別のディレクトリにも同じようにワードプレスを入れていますが、
そちらは問題なく表示されています。
ファイルの差分を確認しましたが、
リンクやDB名以外では差分が見つかりませんでした。

設定などにてどこに問題があるかわからなかったので、
こちらにて質問をいたしました。

エラーログを確認したところ、
ドメイン直下を呼びに行っているようでしたが
ドメイン直下にはワードプレスのインストールをする予定はありません。

何かお分かりになる方がいらっしゃいましたら、
ご教示いただければ幸いです。