デフォルトテンプレート補完機能の適用順位を教えてください。

お世話になります。
ワードプレスMUですが、通常の本家ワードプレスのテンプレート適用動作として教えてください。

デフォルトには、home.php index.phpを含んでいます。

利用しているテンプレートは、home.php style.css scrennshot.pngで構成していました。
利用中に、シングルページのカスタマイズが必要になったので、利用中のテーマに、index.phpを追加しました。

しかし、デフォルトのindex.phpが適用されました。
single.phpに名称を変更して利用中のテーマが適用されるのが確認できました。

そこから、single.phpのカスタマイズを行っていましたが、ある時点から、デフォルトのindex.phpが適用されて、single.phpのカスタマイズは、無視されるようになりました。

ひとつのテーマの中でのテンプレートヒエラルキは、なんとなく輪郭が理解できるのですが、

補完関係にある場合の、デフォルトテンプレートのテンプレート適用順の約束事、

それと、デフォルトテーマが動作するフックのようなものがあるのかどうか、たとえば、ヘッダが、何々だったら、single.phpとして評価しないよ。というような仕組みがあるのかどうかも知りたいです。

恐縮ですがよろしくお願いします。