データベースひとつで複数のWordPressをインストールした時の注意事項

データベースはテーブルという単位でデータを管理しています。MySQLやMariaDBという言葉を目にすると思いますが、これらはリレーショナルデータベースマネージメントシステム（ソフトウェアです）の名称です。

テーブルは行・列で定義されたデータです。
複数のテーブルを効率よく管理するのがデータベースです。

テーブルは１つ又は複数のファイルにより構成されます。ファイルの数はデータベースエンジンの種類により異なります。InnoDBやMyISAMという言葉を目にしたら、それはデータベースエンジン（いわばテーブルの管理方式）の種類です。

リレーショナルデータベースマネージメントシステムは複数のデータベースエンジンを使い分けることができます。

で、質問への返信です。

最初のWordPressのテーマに関する情報はwp_optionsというテーブルに保存されています。
二番目のWordPressのテーマに関する情報はwp2_options(接頭辞がwp2の場合)というテーブルに保存されています。
それぞれの別のテーブル＆別のファイルですのでデータが混同することはありません。
つまり、２番目のＨＰのテーマを変更することで，１番目のＨＰが崩れてしまうということはありません。

最初のWordPressで写真は/wp-content/uploads/xxxxというフォルダに保存され、その保存先の情報はwp_postsというテーブルに保存されます。
二番目のWordPressで写真は/wp2/wp-content/uploads/xxxxというフォルダに保存され、その保存先の情報はwp2_postsというテーブルに保存されます。（※前回の質問時の構成の場合です）
保存場所・保存先の情報ともに別なので混同することはありません。
つまり、２番目のＨＰで写真をabc.jpgで登録したら，たまたま１番目のＨＰにも同じファイル名の写真があったとして，それに上書きされてしまうことはありません。

ただ、予期せぬ障害によりデータベースが壊れることもあり得ますし、サーバーのディスクが壊れることもあり得ます。
データベースやアップロードしたファイルをバックアップするのは、想定外の事態に対する備えであり、また錯誤による削除等の人的なミスに対する備えです。