データベースをアップデートしたら更新できなくなった。

テスト用に稼動してるサーバーで3.3を使ってました。
ダミーの記事やカテゴリー、ページもありました。
今回3.05の検証が必要になりサーバー上の3.3をすべて削除し、新たに3.05をインストールしました。そのインストールの最後に「データベースのアップデート」を聞いてきたので実行しました。
ログインすると更新記事の一覧には今までのエントリーが表示され、編集もできます。
カテゴリー、ページも同じくです。
そしてサイトのトップページを開くと記事は存在します。サイドにはアーカイブやカテゴリーは存在します。
php MyAdminには使ってたデータベースはそのままでデータも残ってます。

以下、困ってる現象です。
・トップページの記事、サイドのアーカイブ、カテゴリーのリンクをクリックしたら
「404 Error　File Not Found」になります。
・エントリーから個別記事を編集し更新をプレビューすると同じく「404 Error　File Not Found」になります。
この場合個々のエントリーID等の情報とphp MyAdminにある情報は同じです。
・「404 Error　File Not Found」になった時に表示されるアドレス（18.html）とエントリーidは同じです。(id:18)

長々となりましたがエントリーがちゃんと表示されるようにするには、
どのようにすればよろしいでしょうか？
ご指導のほど宜しくお願いいたします。