こんにちは
wp-content/themes/使用中のテーマ名/index.php が使われますが、
例外もあります。
home.php,front-page.phpがテーマ名ディレクトリに存在する場合、トップページはこれらのテンプレートで代替されます。
index.phpは、トップページで表示されるテンプレートという理解ではなく、フォールバックテンプレート（代替のテンプレートがない場合に、最終的に利用されるテンプレート）
と理解しておくといいです。
ちょっとわかりずらいかもしれませんが、十分理解してから、ナイスなプラグインを作ってください。
nobitaさん。ご返答ありがとうございます。
wp-content/themes/使用中のテーマ名/index.php が使われる
とありますが、
もし
wp-contentディレクトリの上位ディレクトリ(WordPressディレクトリ)にindex.phpが存在する場合、こちらが読み込まれるのでしょうか？
サーバー(apache)のログを見ても
localhost/wordpress/
へのアクセス時に◯◯.phpへのアクセスが見られないので、何が起こっているのかよく分からないというのが現状です。
index.phpはフォールバックテンプレート ということなのであれば、WordPressの何かのファイルで、index.phpを読みに行くように設定しているのでしょうか？
なにかと疑問が多くて申し訳ありません。
ワードプレスは、テーマのテンプレートだけで表示されるわけではなく、投稿などデータベースに保存されたデータや、プラグインで追加された機能も読み込んだうえで、コアプログラム＋プラグイン+テーマが、それぞれの役割を担って 最終的に表示されるのが、テーマのindex.php（や他のテンプレート）です。
実際にアクセスされるのは、常に、wordpressのindex.phpですが、どのような出力にするかを、テーマのテンプレートファイルを参照して出力します。
テンプレートは、index.phpだけでなくアーカイブを表示するテンプレート等リクエストに応じて、テーマ内のいろいろなテンプレートを参照して出力します。
nobitaさん。ご返答ありがとうございます。
やっと分かりました！丁寧な説明ありがとうございます。
