ドメイン直下とサブディレクトリにwordpressをインストールする場合の問題

サイトが入れ子の場合だとサーバー管理上支障がある
ドメイン直下にワードプレスを展開しているか、いないかということです。
現在のワードプレスがサブディレクトリにインストールされていれば大丈夫でしょう、ということです。

現在のWordPressがサブディレクトリにインストールされているのが望ましいです。
サーバー会社からのコメントから、現在、ドメイン直下（http://www.xxxxx/）にWordPressがインストールされているように読み取れましたので。

これから、イチから作るのでしたら。
ドメイン直下（http://www.xxxxx/）　←日本語と英語の振り分けだけをするサイト
サブディレクトリ（http://www.xxxxx/jp）　←日本語用にwordpressをインストール
サブディレクトリ（http://www.xxxxx/en）　←英語用にwordpressをインストール
わたしのもとにサイト構築の相談を持ち込まれたとしたら、以上をひとつのデザインとして提案します。

サーバーからのコメントは、問題が起こる可能性への忠告です。

「パーマリンクの設定等によっては不具合が発生することがあり、そのような状況における不具合の修正についてはサポートの対象外となります。

入れ子になっていると、データベースがどのWordPressと接続しているのか、wp-config.php を頻繁に参照しなくてはならず、サーバー会社としても神経を使います。また、バックアップ作業で思わぬ現象も起こります。
わたしの経験を例にあげれば、同じディレクトリ名をつけたサブディレクトリ（たとえばwp）が増えていたことがあります。おそらく、バックアップ作業で重複したのだと思います。

wordpressの性質上問題があるということでしょうか？

インストールする前にWordPressを解凍して見てみるとわかることですが、ルートに有るファイルはwpで始まる良く似たファイル名。wp-admin, wp-content, wp-includesのディレクトリにあるファイルは数千はあるでしょう。
そこに異なるWordPressをインストールすると、バックアップにどれだけ時間が掛かるでしょう。
サーバーを管理する上で、それぞれのサイトがサブディレクトリに収まっていることが、整然として好ましいのです。