ネットワークで有効化しているプラグインを特定のブログだけ無効化した

不可能ではありませんが、そこそこ手がかかります。
ネットワークで、有効化されているプラグインは、functions.php や個別に有効化されているプラグインよりも、早く読み込まれます。

この読み込みを変更するには、それより早く読み込まれる MU プラグイン を利用する必要があります。

このプラグインを用いて、ネットワークで有効化されているプラグインを無効化するには、上述の MU プラグインで、site_option_active_sitewide_plugins フィルターにフックし、該当のブログでのみ無効化されるよう、配列から削除を行うようにする必要があります。