ネットワークでakismetを有効化できない

みなさま、どうぞよろしくお願い致します。

ネットワークでサイトを構築しております。

Akismetを有効化すると、

プラグインを有効化する際に、103文字分の予期しない出力が発生しました。“headers already sent” メッセージや、フィードやその他の問題に気づいた場合はプラグインを停止または削除してみてください。

というメッセージが表示されます。
プラグインの一覧ページでは有効化自体はできているように見えるのですが、APIキーの入力画面「Akismet 設定」の画面に行くことができず、ダッシュボードに転送されてしまいます。
設定画面URL：　http://example.jp/wp-admin/plugins.php?page=akismet-key-config
転送先のURL：　http://example.jp/wp-admin/?c=1

どなたか、解決の方法がわかる方がいらっしゃったらよろしくお願いいたします。

環境

• さくらVPS
• PHP Version 5.3.2-1ubuntu4.7
• WordPress 3.1
• マルチサイトにしています

可能性があるかもしれないと考えていること
ブラウザからプラグインをインストール/アップグレード、テーマのインストール、「投稿」での画像のアップロードをする際に、FTP情報を聞かれました。
対策として、http://akibe.com/2011/01/wp-tips01/を参考に、

• wp-config.phpにdefine( 'FS_METHOD', 'direct' );を書き込む
• wp-content/以下のすべてのディレクトリとファイルのgroupに書き込み権限を与える

を実施して一応の解決を見ました。
wp-content以外のディレクトリの権限系なのかもしれないとも疑っていますが、どこを変えるのかを推測することができません。
全く違う問題なのかもしれません。

PHPとWordPressによるエラー表示
wp-config.phpでdefine('WP_DEBUG', true);としているため、エラー表示がされています。

Notice: is_site_admin の使用はバージョン 3.0 から非推奨になっています! 代わりに is_super_admin() を使ってください。 in /var/www/wp-includes/functions.php on line 3303
Notice: has_cap の使用はバージョン 2.0 から非推奨になりました ! 代わりに プラグインやテーマでのユーザーレベルの使用は推奨されていません。代わりに権限グループと権限を使ってください。 を使ってください。 in /var/www/wp-includes/functions.php on line 3387
Notice: is_site_admin の使用はバージョン 3.0 から非推奨になっています! 代わりに is_super_admin() を使ってください。 in /var/www/wp-includes/functions.php on line 3303
Notice: is_site_admin の使用はバージョン 3.0 から非推奨になっています! 代わりに is_super_admin() を使ってください。 in /var/www/wp-includes/functions.php on line 3303

以上となります。
どうぞよろしくお願い致します。