バリエーションがある商品がカートに入らなくなった

こちら確認した環境の商品バリェーションでは特に問題はありません。
テーマがオリジナルとの事ですので、テーマに問題があるかも知れません。
以下のWooCommerceデフォルトテーマに切り替えて、問題があるか確認して下さい。
https://ja.wordpress.org/themes/storefront/

解決した場合、トピックスの解決済みをして下さい。
またツッコミになりますが、何故古いjQueryを利用しているのか理解に苦します。
WordPressテーマ仕様に沿ったWooCommerceテーマであれば、この様な凡ミス発生はしないので、
WooCommerce対応のテーマへ切り替えた方がよく、今後も問題が出る可能性は高くなります。
また、オリジナルテーマでのフォーラム質問は対象外と、オリジナルテーマは自己責任にての対応になります。