バージョン3.1にすると、カテゴリーのURLが変わる。

自分も同じような感じのエラーが3.1で出ましたが、プラグインのsimple-tagsを無効化したら正常になりました。

プラグインのせいかもしれないので一つずつ無効化して調べてみたら改善するかも。

同じ症状です。
サイト内のカテゴリーへのリンクがすべてきかなくなっていました。

当方、Top Level Categoriesのプラグインを使用していたのですが、
これを無効にするとURLに/category/がつき、正常に表示されます。
この/category/が邪魔なのになぁ、、、と、
プラグインを使っていたので、困ってます。

要は、プライグインが3.1に未対応ということでしょうか。。。

この症状で探して、たどり着きました。
たしかに、Simple Tagsを使っております。

インストールしてあったSimple Tagsのバージョンは、1.8であったため、
2.0-bata9にバージョンアップしたところ、
上手くアクセスできるようになりました。

助かりました、と同時に、状況報告でした。