パーマリンクについて

dekazoさん、こんにちは。

仕様というか…そもそも存在しないページで 404 （Not Found）が返るのは当たり前なので…
何をどうしたいのか、もう少し詳細に記載頂くと回答が付きやすくなると思います。
存在しない URL に対してどのような対応を行いたいのでしょうか。
独自 404 ページを作る（用意する）等は可能なので、どのようなことが行いたいのか明示してみてください。

ご参考になれば。

dekazoさん、こんにちは。

不自然というのは、例えばディレクトリに index.html があれば表示される、なければ（サーバーの設定次第だが）ファイルリストが表示される等のことでしょうか。
404 ページテンプレートを独自で用意して、もちろんテンプレート内で WordPress 関数が使用できるので、タグのページであればタグの一覧を表示するとか、アーカイブであればページの一覧を表示するといった分岐でのカスタマイズも可能であろうとは思います。もちろん単純にリダイレクトでもいいですけどね。
404 はできるだけ内容を作って用意するというのはマーケティング的には以前から言われていたような気もしますし、挑戦されてみてはいかがでしょうか。

ご参考になれば。