パーマリンク変更時のテンプレート階層について

はじめまして。
初心者ですが質問させてください。

バージョン3.0.1で「category-ID.php」を作成して「カテゴリートップ」から
個別投稿表示へリンクするようにしてあるのですが、通常ならば、個別投稿表示は

1.single-{post_type}.php
2.single.php
3.index.php

の順番でテンプレートが適用されますが、パーマリンクを下記の様に変更すると

/%category%/%year%/%monthnum%/%day%/

個別投稿表示も「category-ID.php」が適用されてしまいます。

パーマリンクをデフォルトに戻すと「single.php」の適用に戻ります。
これは仕様でしょうか？

上記のパーマリンク設定で、カテゴリートップと個別投稿表示に別々のテンプレートを
適用する方法を教えてください。

宜しくお願いします。