パーマリンク設定が勝手にデフォルトに戻る

構築したサイトのパーマリンク設定がデフォルトに戻る現象が起きています。
複数の管理人(10人程度)で管理しており、パーマリンク設定は編集しないようにアナウンスしているはずですが、現状「時々」パーマリンク設定がデフォルトに戻ってしまっている状態です。
サイトの重要なページがリンク切れになり見れなくなるため、わざわざ誰かが変えているという可能性は低そうです。
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管理画面からパーマリンク設定を編集する以外にパーマリンクがデフォルトになってしまうのには、どういった場合が考えられるでしょうか？
フォーラムやサイトを検索したものの同じような状態の人が見つからなかったため投稿させていただきました。
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■WordPressの設定
WordPressバージョン：var 4.0.8(それ以前でもこの現象が見られました。)
パーマリンク設定：/%author%/%category%/%postname%/
WordPressのURL：htt://ドメイン/フォルダ名/
サイトのURL：http://ドメイン/
■プラグイン
Advanced Custom Field、Akismet、All In One SEO Pack、Any Mobile Theme Swicther、Cstin Field Suite、Customo Post Type UI、Duplicate Post、Google XML Sitemaps、TinyMCE Advanced、WP-PageNavi、WP Multibyte Patch、WP Olive Cart Pro
■サーバ
さくらのライトプラン
■気になった点
・現象が起きた際、直下の.httaccessを確認すると、「#BEGIN WordPres」と「#END WordPress」の間の設定が空白になっていました（再設定後、リライトルールが反映されていました。）
・現象が起きた際、.httaccessの最終更新日付が直近になっていました。
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ただ単純に誰かが編集しているのか、さくらの方で「%autohor%」を推奨していなくて勝手に編集してしまっているのか、その他に考えられる原因や同じような現象の人が見つからず困っております。