プラグインとカスタマイズの負荷の差

質問と言うより疑問なのかもしれませんが、同じ処理のコードをプラグインとしてコーディングしたのと既存のphpファイルにカスタマイズの形で追記したのとでは、サーバに対する負荷の差は出るのでしょうか？

サイトのカスタマイズをしたい時に、PHPの知識がまだあまり無いのでネット上で情報を集めているのですが、「プラグインを使うよりも直接カスタマイズした方がサーバの負荷が減る」という文言が色々なところで見受けられます。
ただ、それが書かれているサイト等で、その理由を説明しているところは今までありませんでしたし、ネットで調べても捜し出すことは出来ませんでした。

今の私の浅い知識では、ほぼ同じコード内容であれば変わらないのではないかと思っています。
唯一、例えば既にある機能を取り除きたい場合は、それが働かない様にするコードを追加するより、直接コメントアウトなどをした方が負荷が減るとは思っていますが。

私は既存のファイルを直接カスタマイズするより、プラグインにした方が利便性があると思っています。
直接カスタマイズをするとアップグレードなのでファイルが更新されて、追記したコードが消えてしまう可能性があるというのが理由です（実際に過去にありました）。

もしかしたらPHPは同じコード内容でもファイルを分散したら負荷が増えるとか、そういう仕様とかがあるのでしょうか？

これらの事について詳しい方がいらっしゃれば誰かご教授お願いします。