プラグインの設定　 特定の値だけ上書きされずに保持し続ける方法は？

特定の値だけ上書きされずに保持し続ける方法はないでしょうか？

そのプラグインの管理画面で設定するようなオプション値（{wp}_optionsテーブルに保存される値）であれば、（そのプラグインのソースを見て）そのプラグインのデフォルト値を保存するプラグイン、または（試みたことはありませんが）dropins を自作することで実現できると思います。
ただし、そのプラグインのアップデートに伴い、オプションの仕様やキーが変更されることにより予期せぬエラーなどが出てしまうことも考えられるので自己責任となります。

有名なプラグインの多くはプラグイン独自のフィルターフック、アクションフックを用意していると思います。まずはそちらを活用する方向を模索したほうが良いのではないでしょうか。