ページネイションが機能しない。

カスタム投稿のアーカイブテンプレートのページネイションが3、4ページしか表示されなかったり（404ぺーじに…）、そもそもページネイションが表示されなかったりします。
どのテーマを使っても、どのプラグインを停止しても、どのページネーションプラグインでも、メインループの１ページの表示数をfunctions.phpからせっていしても、そもそもページネイションが出てなかったりするのでダメです。
設定の表示設定の1ページに表示する最大投稿数をおおきくしたりちいさくしたらほとんどのぺーじが404になったり訳が分かりません。一覧ページをページネイションつきでひょうじしたいのですが、そのようになります。
プラグインはwp-pagenaviとbuddypressとcustum post type ui を使っています。

<!-- archive-myposts.php-->
<div class='mypostlist'>         
<?php  $n=1; ?>          
 <?php if (have_posts()): ?>
<?php while (have_posts()) : the_post(); ?>
 <div class="aida1">  

            <?php the_title(); ?><br>
            <?php echo $n ;?>                   
            <?php if(has_post_thumbnail()): ?>
               <a href="<?php the_permalink() ?>"> 

                      <?php the_post_thumbnail('index_thumbnail',array('class'=>'forsize')); ?>
                  </a>

            <?php else: ?>
              <a href="<?php the_permalink() ?>"> 
                   <img src="<?php  echo get_stylesheet_directory_uri(); ?>/no-image.png" class="forsize" >
                </a>
            <?php endif; ?>
            <?php $n++; ?>
            <br>
            <dl>
            <dt>
            <?php the_time('Y.m.d') ?> 
        
            </dt>
            </dl>

              </div>     
<?php endwhile; ?>
<?php else: ?>
<p>投稿がありません</p>
<?php endif; ?>     
<?php wp_pagenavi(); ?> 

 <!--現在のfunctions.php--> 
function twpp_change_sort_order( $query ) {
  if ( is_admin() || ! $query->is_main_query() ) {
    return;
  }

  if ( $query->is_post_type_archive('myposts') ) {
    $query->set( 'posts_per_page',3);
  }
}

add_action( 'pre_get_posts', 'twpp_change_sort_order' ); ?>