マルチサイトで２つ目のｐｏｓｔリンクが１つ目のサイトに飛ばされる

ロリポップサーバーにてマルチサイトを設定しました。

一つ目のサイト制作後にマルチ化し二つ目のサイトも表示できました。
ただ、パーマリンク設定でカスタム構造（/%category%/%postname%.html）にしたところ
二つ目のサイトの投稿ページ、カテゴリーページ、アーカイブページへのリンクに異常がおきました。

二つ目のサイト内リンクをクリックすると全て一つ目のサイトのＴＯＰページに移動してしまいます。

◆二つ目のサイト　http://nichirei-reien.jp/

※ただ、パーマリンク設定を「デフォルト」（/?=123）にすると問題なく表示されます。
※一つ目のサイトはカスタム構造でも問題なく表示されています。
※サイトネットワーク管理者のサイト設定でPermalink Structureで「blog」表記を削除し、カスタム構造の表記を行っています。
※IE、FF、Chromeでも同じ現象が現れます。

・・・ちなみに、.htaccessは下記の通りWP管理画面指示の通り表記しています。
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ – [L]

# add a trailing slash to /wp-admin
RewriteRule ^([_0-9a-zA-Z-]+/)?wp-admin$ $1wp-admin/ [R=301,L]

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule ^ – [L]
RewriteRule ^([_0-9a-zA-Z-]+/)?(wp-(content|admin|includes).*) $2 [L]
RewriteRule ^([_0-9a-zA-Z-]+/)?(.*\.php)$ $2 [L]
RewriteRule . index.php [L]

【お願い】
カスタム構造で二つ目のサイトも表示させたいです。

お忙しいとは存じますが、お助けお待ち申し上げます。