マルチサイト化でパーマリンクに.phpを付けるとNot Found

現在、MTで構築したサイトをすべてWPで再構築するために、PCにて環境を構築し、テストしているところです。

マルチサイト化していない単独のサイトでは問題が起こらないのですが、マルチサイト化したサイトでは、パーマリンクを　/%category%/%postname%.php　と設定するとNot Foundとなってしまいます。パーマリンクをディフォルト、あるいは、/%category%/%postname%　とした場合には、正常に表示されます。

おそらく.htaccessのrewrite ruleだと思うのですが、どのように記述すれば良いのか分かりません。現在の.htaccessは以下のようになっています。

# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /mydomain/
RewriteRule ^index\.php$ – [L]

# add a trailing slash to /wp-admin
RewriteRule ^([_0-9a-zA-Z-]+/)?wp-admin$ $1wp-admin/ [R=301,L]

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule ^ – [L]
RewriteRule ^([_0-9a-zA-Z-]+/)?(wp-(content|admin|includes).*) $2 [L]
RewriteRule ^([_0-9a-zA-Z-]+/)?(.*\.php)$ $2 [L]
RewriteRule . index.php [L]
</IfModule>
# END WordPress

/%category%/%postname%.php　はMT使用時のパーマリンクであり、変更したくないのですが、どのようなrewrite ruleにすればよいのかご教授いただければと思います。

よろしくお願いします。