マルチサイト運用時のヘッダー等共有

親サイトと複数の子サイトで共通のheader、footer、sidebarを使いたい。
しかしそれ以外（index,page,single etc…）は親、子で独自のテンプレートを用いたい。

・子サイトはサブディレクトリ構成での運用です。

現在はとりあえず親、子で同じテーマを適用させましたが、階層が違うだけで全く同じトップページが表示されています（当たり前ですが）。

各子サイト用のindex.phpを用意または指定する方法が分かりません。
共通テーマを用いるべきかテーマを分離するべきかすら分かりません。
下記フォーラムを参考にしましたが、子ブログが複数あるのでhome.phpだけでは解決できません。
http://ja.forums.wordpress.org/topic/4802

大変アバウトで求める文章量が多い質問ですが、理解できる方いましたらお導きください。
よろしくお願い致します。